Испания, 1944 год. В лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистских войск. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости древний заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта её встречает фея, которая приводит девочку к его хранителю — таинственному Фавну. Существо раскрывает Офелии удивительную тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, чей отец искал её веками. Чтобы вернуться в своё истинное королевство, Офелия должна выполнить три испытания до полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.